Trải qua gần 15 năm trường kỳ kháng chiến, VP.TWCMN di chuyển gần 40 địa điểm khác nhau từ Chiến khu Đ, sang Chiến khu Tây bắc Tây Ninh, sang Campuchia và sau cùng về trú đóng tại Romduol (Chàng Riệt - Tây Ninh) cho đến ngày giải phóng miền Nam 30 tháng 4 năm 1975. Thời kỳ trên được chia làm các giai đoạn và địa bàn như sau:

1. Thời kỳ 1961-1962: Thời kỳ này TWCMN mới được thành lập tại Chiến khu Đ, ngay sau đó VP.TWCMN cũng được thành lập, lực lượng nòng cốt của VP.TWCMN dựa trên lực lượng chính của Văn phòng Xứ ủy Nam Bộ. Ngày 19 tháng 1 năm 2004, Bộ Văn hóa-Thông tin đã ra Quyết định số 02/2004/QĐ-BVHTT công nhận địa điểm căn cứ TWCMN (thời kỳ 1961-1962) thuộc xã Phú Lý, huyện Vĩnh Cửu, tỉnh Đồng Nai là di tích quốc gia.
2. Thời kỳ 1962-1967: Do điều kiện sinh hoạt tại Mã Đà quá khắc nghiệt, nên sau khi Đại hội lần thứ I xong, TWCMN quyết định về lại chiến khu Bắc Tây Ninh, vùng Chàng Riệt-Núi đất, tức vùng Chrak Rumduol
3. Thời kỳ 1967-1969: Thời kỳ này VP.TWCMN trú đóng tại vùng rừng Le, nằm về hướng Đông-Bắc Cà Tum, cạnh Phum Baphloam.
4. Thời kỳ 1969-1970: Sau khi căn cứ bị lộ và bị B52 tấn công, VP.TWCMN chuyển về vùng Móc Câu, nằm trên thượng nguồn sông Sài Gòn, sâu vào phần đất Campuchia, Nằm về phía Đông Phum Choam Kravien, phía Nam Phumi Stoeng Srei.
5. Thời kỳ 1970-1973: Do cuộc chiến tranh mở rộng ra toàn cõi Đông dương, nên VP.TWCMN di chuyển sang Campuchia, trú đóng trên vùng phía Tây bờ sông Mekong, thuộc tỉnh Cần Ché.
6. Thời kỳ 1973-1975: Đóng quân tại nơi có khu di tích TWCMN hiện nay, tức Phum Rumduol.
7. Ngày 2 tháng 5 năm 1975 về Thủ Đức tại Học viện Cảnh sát Quốc gia. Đến 31 tháng 12 năm 1975 VP.TWCMN chấm dứt sự tồn tại của mình (sau khi TWCMN hoàn thành vai trò lịch sử đúng 3 tháng).